Сто лет длилось расширение кладбища, пока неэффективность меры не стала наглядной. Тогда было принято решение по созданию трех новых больших кладбищ в городском пригороде. Все останки из закрытых кладбищ были аккуратно перенесены в обновленную часть Карьеров Парижа.

Идею использовать исчерпавшие карьеры в качестве хранилища костей подал начальник полиции генерал Александр Ленуар, и она была воплощена уже в 1786 году. Одними из первых были перемещены останки похороненных на кладбище Сент-Николя де Шапмс.

Прах погибших при бунте на Place de Greve (Гревской площади), Hotel de Brienne (отеля Бриенн) и Rue Meslee (улицы Месли) 28-29 августа в 1788 году был доставлен в катакомбы. Каждая стена катакомб покрыта надписями. Самые старые из них датируются восемнадцатым веком.

Гюго в своем романе «Отверженные» использовал имеющиеся знания о тогдашней системе подземных туннелей.  1871 год стал роковым для гркппы монархистов, которые были убиты коммунарами в одной из катакомбских пещер. Когда проходила Вторая Мировая война, члены движения Французского сопротивления в Париже в своей деятельности задействовали систему катакомб.

В шестом округе Lycee Montaigne в этот же период немцами был основан подземный бункер, который располагался прямо под школой.